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朱由检提出设立军机处，这原本是对内阁制度的一大挑战，不想却被东林党人痛快地接受了，其他阁臣自然更不会反对。这其中的玄机在于，东林党人认为他们目前最大的政敌是温体仁和周延儒，而他们这一派是不懂军事的。皇帝既然已经声明，只有知兵者才能进军机处，那显然温、周及其党羽都无法入选。
相反，东林党人虽然懂军事的也不多，但多少比温周党要强一些，最起码兵部尚王洽是铁定要进军机处的。如此一来，便可巧妙地排挤温体仁和周延儒，让他们逐渐边缘化。
正因为抱着这种目的，所以东林党人对朱由检提出的军机处的种种权力，基本上也没有反对。这些权力主要包括：
一，建立值班制度，处理一切紧急军情；
二，下达军事部署，皇帝批准后生效；
三，凡是涉及到军事层面的事务，为皇帝和内阁提供参赞。
但是东林党人也不是对皇帝一味妥协，钱龙锡等人提出，军机处职责重大，其人选必须与阁臣一样实行廷推，而且必须由阁臣领衔。他们的如意算盘是，只要举行廷推，皇帝就不能任意提拔自己中意的官员，东林党完全可以凭借人数上的优势，把军机处牢牢控制在自己手中，并把温周一党以不知兵的理由排除在外。
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对此朱由检欣然同意。温体仁和周延儒一向善于揣摩圣意，过去朱由检想进行某项改革时，也常提前给他们暗中吹点风。可是此次他们一点思想准备也没有，也摸不清朱由检葫芦里卖的什么药。二人偷着对视一眼，又想着自己之所以能上位，全靠顺着皇帝的心意议政。这个军机处看起来对自己不利，但既是皇帝提出，必有深意，如果贸然反对，以后必将失**。因此权衡之下，也只好表示同意。
见大局已定，朱由检心满意足地又打了个呵欠，众臣便知趣地告退了。等众人全退出养心殿，朱由检的脸上才露出胜利的微笑，暗忖自己“温水煮青蛙”的把戏再一次获得成功。
其实这个军机处，当然是效仿清朝的军机处而来，朱由检连名字也懒得换了。东林党人也确实猜对了一部分，朱由检确有用军机处与内阁分权的想法。