天文十四年6月22日午时初刻，织田军又占领了平等寺。午时三刻，善长寺也被织田军拿下。午时五刻，织田信长进驻本能寺，仍然没有发现北军的伏兵——至此，武田晴信等南军大名彻底放心了，纷纷开足马力向二条城挺进——皇宫估计是抢不过织田信长了。就连远在摄津官道出的六角军和若狭武田军也已经闻讯赶来，一路追到了大泉寺外。京都的大街小巷上，随处可见北军撤离时遗留的物资。
天文十四年6月22日午时七刻，织田军占领皇宫，第一时间确保了皇室和公卿的安全。几乎是同时，织田信长自己带着一小队马廻众径直奔向二条城，抢在武田军等南军各部之前，再次第一个冲入二条城，将织田家的马印插在了二条城上，尽揽此役风光。
然而，就在织田信长准备将织田木瓜旗顺便往二条城天守阁上也插一面时，尴尬的事情却发生了。
“什么三好家把公方殿……额不，伪公方留在了二条城”
得知了这一消息的细川晴元在亲信们的簇拥下紧赶慢赶，终于在天文十四年6月22日未时四刻来到了二条城。除了在周围警戒的部队外，大多数南军大名的军队此刻都驻扎在二条城、皇宫周围。而南军的大名们，则悉数来到了二条城天守阁内的评定室里，等待细川晴元的到来。在评定室的主位上，坐着的正是已故的足利幕府第2代征夷大将军足利义晴的嫡长子——年方十岁的足利义藤。
无比尴尬的局面发生了，在座的所有大名都是面面相觑，就等着把这棘手的问题甩给细川晴元了。
由于足利义晴是突然暴毙，并未来得及完成将军之位的传承仪式。于是，当时已经控制了京都的三好家便顺理成章地拥立了嫡长子足利义藤继位。而细川晴元只得退而求其次，在将军侧近三渊晴员的帮助下，找到了足利义晴出家的次子足利义秋，拥立他为将军。
在细川晴元的设想里，三好家和细川家的战斗将是漫长的。就算他细川晴元靠着南军的声势夺回了京都，三好长庆也必然会带着足利义藤撤离，换一个三好家的领地新设御所，继续维持着两个将军分庭抗礼的格局。
可三好长庆怎么就把足利义藤给留下了呢他居然不带走自己的大义名分吗三好家到底在想什么细川晴元怎么想都想不明白。
虽然三好家在声望和招牌上的损失是巨大的，但是细川晴元眼下同样面临一个巨大的麻烦——该如何对待三好长庆拥立的“伪将军”事实上，足利义晴生前早已将足利义藤当做继承人，而将自己的其他孩子全部送去寺庙出家，而足利义藤的身份也得到了包括管领细川晴元在内的大多数近畿大名和幕府、朝廷官员的认可。
虽然之前两军相争，细川晴元和三好长庆互相将对方拥立的将军称为“伪将军”。但真的算一算资格，反倒是细川晴元他拥立的足利义秋——更像是个临时的冒牌货。细川晴元它本身和足利义秋也没什么关系，反倒是和作为少主的足利义藤关系不错，只是为了扯虎皮拉大旗，才把足利义秋从寺里找了出来。
那现在……该怎么处置已经被宣布为“伪将军”的真将军足利义藤呢细川晴元直感到头疼。软禁起来那幕府里怕是有很多人要对细川晴元不满吧放归那万一这面真正的旗帜又被三好长庆或是反对细川家的人拿去怎么办或者所幸放弃足利义秋，重新拥立足利义藤——这世上都没有这么做的吧，真这样反复无常，细川家不成笑话了
就在细川晴元胡思乱想之际，意想不到的事态突然发生。
只见足利义藤“腾”地一下从主位上坐起，当着南军所有大名的面，抬起手，狠狠地指向了细川晴元道：
“晴元逆贼，焉尴毒害我父上', '上')