按他们自己的说法，他们玛雅人算是远古地球人的后代。
上古时代，地球是个修真文明极为璀璨的大星，甚至是这片星域的中心，后来因为未知原因，天地发生了巨变，亚特兰蒂斯沉没，古仙和古神们无奈之下，开辟出星空古路，集体离开地球。
其中有一支首领名叫“玛雅”、走能量系修真路线的队伍，离开了地球后，来到了一个环境恶劣、充满辐射的星球。
玛雅率领着族人们艰难生存了下来，经过不知道多少年，他们后代的身体，被那颗星球无处不在的辐射给改变了，血液从红色变成了蓝色，肉身变得孱弱，精神却得到增幅。
变异后的玛雅人，拥有地球人的大部分特征，血液却是蓝色的，皮肤也呈现出淡蓝。
又过了不知道多少年，一度作为河系中心的地球，已经衰退成了一颗普通的修真星球，地球完全从上古时代迈入了远古时代。
玛雅星的一部分玛雅人，驾驶着宇宙飞船，循着祖先们留下的星空古路，回到了典籍中记载的、修真文明璀璨到极点的祖星，看到已经衰退到不像话的地球，他们自然大失所望。
不过这批玛雅人还是留了下来，在北部大洲这个相对孤立、远离东西大陆文明中心的大陆，建立了他们的玛雅文明。
又过了不知道多少年，地球再次发生剧变，灵气大幅度衰退，已经不适合任何修真者生存。
仅剩的修真者们也待不下去了，不得不搜刮地球剩余不多的资源，开辟出昆虚、伊甸这样的灵界，集体迁徙。
玛雅人因为发生了变异，一直不被东方仙人集团，西方神魔集团认可，认为他们并不是地球人，而是异类，所以不允许他们进入灵界。
实力相对东方仙人集团、西方神魔集团弱的玛雅人，又没有办法靠自己开辟灵界，只得留在了正在发生灾变的地球。
在这场大灾变中，大多数玛雅人都死去了，只有十二个玛雅人，躲进了神庙深处、宇宙飞船里的休眠舱，得以生存下来，又不知道苟活了多少岁月，直到阿利卡人发现了玛雅神庙，开启了宇宙飞船，成功将他们唤醒。
以愚者为首的十二个玛雅人，跟阿利卡联邦政府建立了深厚的友谊，从此阿利卡的科技开始突飞猛进。
五年后开发出灭世核武，十年后把人送上太空，十五年后计算机横空出世……
包括现在联邦政府已经掌握的高斯武器、激光武器、弑神武装、上帝权杖……
全都得到了以愚者为首、十二个玛雅人的帮助。