在宫中，朱翊钧自然依靠冯保。
但是，冯保与高拱的关系非常恶劣。
此前, 司礼监掌印太监职位空缺, 高拱先后推荐了陈洪、孟冲, 就是不愿让冯保做掌印太监。
朱翊钧自己在登极诏中也命令他们：
朕方在冲年，尚赖文武亲贤, “共图化理”，“与民更始”。】
【冯保其实相对来说是个不错的宦官，他知书达礼，又有文艺素养, 所以很受朱载坖的喜爱。
而且他并没有像王振等宦官那样为非作歹无恶不作, 甚至没有利用自己的权利去给宦官谋取利益。
他只是利用皇权更迭之间的权力真空，通过遗诏驱逐了政敌孟冲, 亲自任司礼监掌印太监。】
【但此时的内阁首辅高拱已经对冯保欲除之而后快，
在高拱的授意下, 工科都给事中程文、吏科都给事中雒遵、礼科都给事中陆树德都开始弹劾冯保。
由此，一场政治斗争已经不可避免了，
斗争中，冲突双方是冯保和高拱，而张居正表面上是帮助高拱的。
但实际上，张居正与冯保关系非常密切，早就预谋赶走高拱了。】
【在这个时候，内阁首辅的位置还是高拱的，
但是高拱“才略自许，负气凌人”，恰恰触犯了“自负付托之重，专行一意，以至内猜外忌”的为臣大戒，
这也给他后面的失败埋下了伏笔。
而且高拱为人性格执拗，出言偏颇。
朱载坖去世时，高拱认为主幼国危，痛哭时说了一句：
“十岁太子如何治天下。”
朱翊钧即位后，冯保将这句话加以歪曲，改成“高公讲，十岁小孩哪能决事当皇帝”。
朱翊钧听到这话，“专权之疑，深中帝心”。】
【而且这个话冯保还不是只和朱翊钧说，他还在陈太后和李太后面前诬陷高拱说：“高拱将太子斥为十岁孩子，说他怎能做人主！”
于是朱翊钧在隆庆六年六月十六日将他免职，让张居正取代他的位置。
张居正从此依序升为内阁首辅，责无旁贷地肩担起培养万历皇帝的重任。
而此次政治震荡对幼小的万历皇帝产成的刺激也颇为深刻：
“专权之疑，深中帝心，魁柄独持，以终其世。
晚虽倦勤，而内外之间，无复挟恣意如初年者。
主术所操，为得其大也。”
此后朱翊钧在位四十八年，始终坚持自操威柄。
他说过“若用舍予夺，不由朝廷，朕将何以治天下！”】
【高拱一走，高仪也惊得呕血三日而亡，三位内阁顾命大臣中只剩下张居正一人。
同时，在经济和政治方面的问题也堆积如山。
面对着这些重重的困难，此时的小皇帝还没有畏缩不前，为
了“皇图永固”，他以“少年天子”的气派，牢牢抓住“用人唯我”、生杀予夺在朝廷这根权柄，
励精图治，推行新政，朱翊钧在位前十年中其实是很有作为。
而让他有如此作为的最大功臣，便是很有争议的张居正了。】
年少的朱翊钧看向自己面前那位沉稳镇定，从表面上根本看不出来他想什么的首辅大人。
他对他信任，却又提防。
重用，却也猜忌。
现在天幕提到他，是不是就说明了……
这是一个换掉首辅的好时机呢？
朱翊钧眼中流转着光芒，一眨眼便消失了，只剩下平日的温和和老实：“先生，天幕提到你了。”
张居正微微躬身：“陛下，臣在听着。”
朱翊钧看似有点不高兴的说：“但是这天幕居然说先生的不好，朕不高兴了。”
张居正：“陛下，臣确实有不妥之处。天幕即便是说了，那也没什么不对的。
这古往今来的帝王将相，在天幕中的陈姑娘口中便没有完美的。
人非圣贤，孰能无过？
有则改之，无则加勉便好。”